MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 37778

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012751	TTA	2	6	12	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897252
2	NC_012751	A	6	6	17	22	100 %	0 %	0 %	0 %	238897252
3	NC_012751	TTTA	2	8	25	32	25 %	75 %	0 %	0 %	238897252
4	NC_012751	T	6	6	44	49	0 %	100 %	0 %	0 %	238897252
5	NC_012751	TTC	2	6	55	60	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897252
6	NC_012751	T	6	6	154	159	0 %	100 %	0 %	0 %	238897252
7	NC_012751	AAT	2	6	247	252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897252
8	NC_012751	GCTC	2	8	339	346	0 %	25 %	25 %	50 %	238897252
9	NC_012751	CTT	2	6	853	858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897253
10	NC_012751	A	7	7	903	909	100 %	0 %	0 %	0 %	238897253
11	NC_012751	ATA	2	6	938	943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897253
12	NC_012751	TCC	2	6	945	950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238897253
13	NC_012751	TTA	2	6	957	962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897253
14	NC_012751	CAAAAA	2	12	968	979	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	238897253
15	NC_012751	A	7	7	975	981	100 %	0 %	0 %	0 %	238897253
16	NC_012751	ATG	2	6	992	997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238897253
17	NC_012751	TTG	2	6	1046	1051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897253
18	NC_012751	ATT	2	6	1077	1082	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897253
19	NC_012751	A	6	6	1089	1094	100 %	0 %	0 %	0 %	238897253
20	NC_012751	AAG	2	6	1142	1147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238897253
21	NC_012751	A	7	7	1194	1200	100 %	0 %	0 %	0 %	238897253
22	NC_012751	A	7	7	1209	1215	100 %	0 %	0 %	0 %	238897253
23	NC_012751	GAC	2	6	1219	1224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238897253
24	NC_012751	GA	3	6	1490	1495	50 %	0 %	50 %	0 %	238897253
25	NC_012751	TAAT	2	8	1502	1509	50 %	50 %	0 %	0 %	238897253
26	NC_012751	TTA	2	6	1525	1530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897253
27	NC_012751	AAG	2	6	1541	1546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238897253
28	NC_012751	TTGGT	2	10	1572	1581	0 %	60 %	40 %	0 %	238897253
29	NC_012751	GTG	2	6	1607	1612	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238897253
30	NC_012751	TAG	2	6	1631	1636	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238897253
31	NC_012751	AG	3	6	1635	1640	50 %	0 %	50 %	0 %	238897253
32	NC_012751	TGA	2	6	1817	1822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238897254
33	NC_012751	AT	3	6	1838	1843	50 %	50 %	0 %	0 %	238897254
34	NC_012751	TTA	2	6	1867	1872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897254
35	NC_012751	T	6	6	1900	1905	0 %	100 %	0 %	0 %	238897254
36	NC_012751	TTA	2	6	1911	1916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897254
37	NC_012751	T	7	7	1921	1927	0 %	100 %	0 %	0 %	238897254
38	NC_012751	ATT	2	6	2006	2011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897254
39	NC_012751	T	9	9	2020	2028	0 %	100 %	0 %	0 %	238897254
40	NC_012751	T	6	6	2101	2106	0 %	100 %	0 %	0 %	238897254
41	NC_012751	ACTTT	2	10	2107	2116	20 %	60 %	0 %	20 %	238897254
42	NC_012751	A	7	7	2227	2233	100 %	0 %	0 %	0 %	238897254
43	NC_012751	AT	3	6	2330	2335	50 %	50 %	0 %	0 %	238897254
44	NC_012751	TAT	2	6	2339	2344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897254
45	NC_012751	TTC	2	6	2351	2356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897254
46	NC_012751	TA	3	6	2458	2463	50 %	50 %	0 %	0 %	238897254
47	NC_012751	CAT	2	6	2502	2507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897254
48	NC_012751	TTC	2	6	2515	2520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897254
49	NC_012751	AGG	2	6	2604	2609	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238897255
50	NC_012751	AGC	2	6	2610	2615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238897255
51	NC_012751	T	6	6	2737	2742	0 %	100 %	0 %	0 %	238897255
52	NC_012751	TTA	2	6	2756	2761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897255
53	NC_012751	T	6	6	2768	2773	0 %	100 %	0 %	0 %	238897255
54	NC_012751	TTA	2	6	2785	2790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897255
55	NC_012751	TGT	2	6	2829	2834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897255
56	NC_012751	GCTT	2	8	2841	2848	0 %	50 %	25 %	25 %	238897255
57	NC_012751	GGTCAG	2	12	2902	2913	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	238897255
58	NC_012751	TCAA	2	8	3008	3015	50 %	25 %	0 %	25 %	238897255
59	NC_012751	TTG	2	6	3053	3058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897255
60	NC_012751	TTAT	2	8	3143	3150	25 %	75 %	0 %	0 %	238897255
61	NC_012751	TTTAT	3	15	3146	3160	20 %	80 %	0 %	0 %	238897255
62	NC_012751	ATT	2	6	3185	3190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897255
63	NC_012751	A	6	6	3196	3201	100 %	0 %	0 %	0 %	238897255
64	NC_012751	ATC	2	6	4571	4576	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897256
65	NC_012751	A	6	6	4616	4621	100 %	0 %	0 %	0 %	238897256
66	NC_012751	AAAC	2	8	4657	4664	75 %	0 %	0 %	25 %	238897256
67	NC_012751	AAT	2	6	4744	4749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897256
68	NC_012751	A	7	7	4876	4882	100 %	0 %	0 %	0 %	238897256
69	NC_012751	GTA	2	6	4924	4929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238897256
70	NC_012751	CCT	2	6	4952	4957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238897256
71	NC_012751	A	6	6	4969	4974	100 %	0 %	0 %	0 %	238897256
72	NC_012751	TAA	2	6	4991	4996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897256
73	NC_012751	ATT	2	6	4997	5002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897256
74	NC_012751	T	7	7	5001	5007	0 %	100 %	0 %	0 %	238897256
75	NC_012751	GCT	2	6	5238	5243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897257
76	NC_012751	AT	4	8	5246	5253	50 %	50 %	0 %	0 %	238897257
77	NC_012751	AGA	3	9	5256	5264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238897257
78	NC_012751	T	6	6	5286	5291	0 %	100 %	0 %	0 %	238897257
79	NC_012751	T	8	8	5301	5308	0 %	100 %	0 %	0 %	238897257
80	NC_012751	T	7	7	5384	5390	0 %	100 %	0 %	0 %	238897257
81	NC_012751	TAA	3	9	5398	5406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897257
82	NC_012751	TGAG	2	8	5454	5461	25 %	25 %	50 %	0 %	238897257
83	NC_012751	TCT	2	6	5508	5513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897257
84	NC_012751	T	6	6	5534	5539	0 %	100 %	0 %	0 %	238897257
85	NC_012751	A	7	7	5547	5553	100 %	0 %	0 %	0 %	238897257
86	NC_012751	TGATTT	2	12	5575	5586	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238897257
87	NC_012751	CTTC	2	8	5589	5596	0 %	50 %	0 %	50 %	238897257
88	NC_012751	AATA	2	8	5639	5646	75 %	25 %	0 %	0 %	238897257
89	NC_012751	T	7	7	5864	5870	0 %	100 %	0 %	0 %	238897258
90	NC_012751	T	7	7	5876	5882	0 %	100 %	0 %	0 %	238897258
91	NC_012751	AGA	3	9	5926	5934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238897258
92	NC_012751	TAA	2	6	6010	6015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897258
93	NC_012751	TGA	2	6	6038	6043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238897258
94	NC_012751	ATT	2	6	6046	6051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897258
95	NC_012751	TAC	2	6	6082	6087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897258
96	NC_012751	TAA	2	6	6090	6095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897258
97	NC_012751	CAT	2	6	6130	6135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897258
98	NC_012751	TATT	2	8	6810	6817	25 %	75 %	0 %	0 %	238897259
99	NC_012751	TTG	2	6	6830	6835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897259
100	NC_012751	AAT	2	6	6942	6947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897259
101	NC_012751	CAT	2	6	7034	7039	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
102	NC_012751	A	6	6	7080	7085	100 %	0 %	0 %	0 %	238897259
103	NC_012751	CTG	2	6	7145	7150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238897259
104	NC_012751	TAA	2	6	7160	7165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897259
105	NC_012751	TTC	2	6	7197	7202	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897259
106	NC_012751	TCT	2	6	7291	7296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897259
107	NC_012751	CTT	2	6	7337	7342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897259
108	NC_012751	TAC	2	6	7398	7403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
109	NC_012751	TCAA	2	8	7456	7463	50 %	25 %	0 %	25 %	238897259
110	NC_012751	CAT	2	6	7497	7502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
111	NC_012751	GATT	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	238897259
112	NC_012751	ACC	2	6	7585	7590	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238897259
113	NC_012751	CTC	2	6	7679	7684	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238897259
114	NC_012751	CAT	2	6	7698	7703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
115	NC_012751	CAT	2	6	7734	7739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
116	NC_012751	T	6	6	7783	7788	0 %	100 %	0 %	0 %	238897259
117	NC_012751	TGTTTT	2	12	7932	7943	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	238897259
118	NC_012751	T	6	6	7986	7991	0 %	100 %	0 %	0 %	238897259
119	NC_012751	ATC	2	6	8022	8027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
120	NC_012751	A	7	7	8073	8079	100 %	0 %	0 %	0 %	238897259
121	NC_012751	TCA	2	6	8105	8110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897259
122	NC_012751	TTC	2	6	8151	8156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238897259
123	NC_012751	T	8	8	8234	8241	0 %	100 %	0 %	0 %	238897259
124	NC_012751	TAA	2	6	8244	8249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897259
125	NC_012751	CGA	2	6	8263	8268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238897259
126	NC_012751	T	6	6	8312	8317	0 %	100 %	0 %	0 %	238897259
127	NC_012751	ATC	2	6	8445	8450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897260
128	NC_012751	AT	3	6	8453	8458	50 %	50 %	0 %	0 %	238897260
129	NC_012751	ATT	2	6	8506	8511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238897260
130	NC_012751	T	7	7	8510	8516	0 %	100 %	0 %	0 %	238897260
131	NC_012751	TGG	2	6	8630	8635	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238897260
132	NC_012751	CAG	2	6	8654	8659	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238897260
133	NC_012751	C	6	6	8682	8687	0 %	0 %	0 %	100 %	238897260
134	NC_012751	TGT	2	6	8747	8752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238897260
135	NC_012751	AAG	2	6	8786	8791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238897260
136	NC_012751	AAT	2	6	8937	8942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238897260
137	NC_012751	ACC	2	6	9021	9026	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238897260
138	NC_012751	CGA	2	6	9085	9090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238897260
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143	NC_012751	T	8	8	9342	9349	0 %	100 %	0 %	0 %	238897260
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152	NC_012751	GAAT	2	8	9840	9847	50 %	25 %	25 %	0 %	238897262
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168	NC_012751	CAT	2	6	10763	10768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238897262
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172	NC_012751	A	6	6	10850	10855	100 %	0 %	0 %	0 %	238897262
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